Сезон 2
Премьера второго сезона состоялась в США 15 июля, 2005 и она продолжыла историю с того момента, где закончился первый сезон. Атлантиде удалось избежать уничтожения города Рейфами, и заставить их поверить, что на самом деле город уничтожен, также членам экспедиции удаётся наладить несистематический контакт с Землёй благодаря новому линейному крейсер Земли — Дедалу и новому МНТ. Шепард получает повышение до подполковника, а бывший бегун Ронон Декс заменяет место лейтенанта Форда в команде.

Основная сюжетная линия этого сезона построена на исследованиях доктора Беккета по созданию ретровируса способного превращать «Рейфов» назад в людей. Хотя первые опыты с незаконченным вирусом и приводят к плачевным результатам с девочкой «Рейфом», и чуть не заканчивается превращением Шепарда в «Иратус жука», исследования улучшенной версии приводят к неоднозначным результатам с «Рейфом» Майклом. Сезон снова заканчивается «неоднозначным финалом», когда флот Рейфов начинает свой полёт к Земле.

Сезон 3
Премьера третьего сезона в США состоялась 14 июля, 2006. Команде Атлантиды удалось остановить флот «Рейфов» не дав ему достигнуть земли и потерпев очередное поражение с ретровирусом команда встречает третий год в галактике Пегас всё еще находясь под опасностью нового вторжения «Рейфов» они находят еще более страшных врагов расу Асуран. В результате неудачного эксперимента они полностью разрежают свой МНТ и снова остаются без надежных средств связи с Землёй и защитного поля для города. Однако очень скоро в космосе они находят затерянный корабль Древних, экипаж которого «конфискует» Атлантиду и выгоняет оттуда экспедицию, как только попадает в город. КЗВ посылает в город генерала О’Нилла и Ричарда Вулси с дипломатической миссией о восстановлении отношений между Землёй и Древними и возврате экспедиции в город. Однако очень скоро О’Нилл и Вулси связываются с Землёй и сообщают, что город захвачен Асуранами которые напали и убили Древних, но позже несмотря на противодействия командования основной команде Атлантиды удаётся отбить город у Асуран. Конец сезона начинается с того, что Земля наносит упреждающий ядерный удар по родной планете Асуран, с целью уничтожить флот готовящийся отправиться к Земле. Асуране контр атакуют Атлантиду при помощи спутника с мощным лучевым оружием, городу удаётся вывести из под удара за счёт починенных Асуранами двигателей. Сезон заканчивается, когда город неожиданно оказывается в обычном пространстве на пол пути к планете с энергией на 24 часа работы щитов и доктором Вейр при смерти.